Vegetácia, ktorá skrášľuje Kojšovskú hoľu a jej okolie, je nesmierne bohatá. Akonáhle sa na jar roztopí sneh, objavia sa v lesoch veľké biele koberce veternice hájnej a kysličky obyčajnej. Fialovo kvitnú chochlačky a na suchších miestach prvosienky. Pomerne veľké porasty tvorí aj nenápadná pižmovka mošusová. V jarnom aspekte upútajú najmä snežienky, rastúce hojne pri západnom okraji zjazdovky ešte nad horskou cestou. Ojedinele sa vyskytujú až tesne pod vrcholom, čím dokazujú dávnu prítomnosť lesov. V nižších polohách kvitnú žlté veternice iskerníkovité, slezinovka striedavolistá, krivec žltý a záružlie močiarne.
V lete prevláda kostrava, psica, kozonoha hostcova, bažanka trváca, netýkavka nedotklivá a malokvetá, pakosť močiarna a na miestach s dostatkom humusu a dusíkatých látok i žihľava dvojdomá. Lúky nad Zlatou Idkou a Kojšovom sa v lete menia na pestrofarebný koberec kvetov, v ktorom prevládajú kukučky lúčne, modrý zvonček konáristý, biele králiky lúčne, žlté kvety iskerníka prudkého, iskerníka mnohokvetého, hrachora lúčneho a ľadenca rožkatého. Na vlhších miestach rastie vo veľkom množstve pichliač sivý s červeným kvetom a sivými listami a žlto kvitnúci pichliač bylinný. Na týchto lúkach nájdeme dnes už pomerne vzácne naše orchidey, žltý alebo fialový vstavač bazový, červenofialové vstavače škvrnité a širokolisté.
Bylinná fytocenóza hôľnych lúk je zastúpená spoločenstvami horských tráv s prevahou psice tuhej, smlza trsťovitého, vresu, čučoriedky a brusnice. Posledné dve rastliny obľubujú kyslé pôdy a majú značný hospodársky význam v ľudovom zbere lesných plodov. Čučoriedka známa v tejto oblasti aj pod menom borovnica rastie ako polokríčok. Kvitne koncom mája a začiatkom júna a jej plody dozrievajú od júla do augusta. Brusnica rastúca v najvyšších polohách, hojne najmä na svahoch Pálenice, kvitne neskoršie a jej červené bobule dozrievajú od druhej polovice júla do konca augusta. Hrubá vrstva mačiny, tráv a ďalších rastlín má v týchto polohách vysokú retenčnú schopnosť a je schopná zachytiť akýkoľvek príval lejakov, preto sa tu nevyskytujú žiadne známky vodnej erózie.
Koncom leta rozkvitajú najkrajšie kvety vrcholových polôh Kojšovskej hole – vysoké trsy tmavofialových horcov luskáčovitých. Z ostatných druhov sa tu vyskytuje plavúň obyčajný, starček, čerkáč peniažtekový, mäta vodná, nezábudka močiarna, štiavec konský, kýchavica Lobelova, prasatnica jednoúborová, alchemilka, páperník širokolistý, zimozeleň menší, myší chvost. K vzácnym taxonómom patrí horec krížatý, kruštík purpurový a ľalia zlatohlavá.
Výstavbou športového areálu boli počas posledného decénia veľmi ohrozené resp. zlikvidované náleziská rosičky okrúhlolistej, kosatca sibírskeho a kamzičníka rakúskeho.
Z konzumných druhov húb sa na hlavnom hrebeni vyskytuje kuriatko jedlé, muchotrávka červenkastá, sulenka poprehýbaná, plávka modrastá i podpňovka obyčajná a pôvabnica fialová. K najvyhľadávanejším hubám patrí v brezinách, pri okrajoch lesa ale aj samostatne rastúci medzi čučoriedkami, kozák brezový, kozák osikový a hríb smrekový. V severných svahoch spadajúcich k obciam Opátka a Kojšov rastú okrem hríbov aj šťavnačka marcová, pečiarka poľná a hríb bronzový, v dolinách aj pečiarka ovčia, kozák hrabový, masliak smrekovcový, plamienka zamatovohlúbiková. K smrteľne jedovatým hubám v oblasti Kojšovskej hole patrí muchotrávka biela a muchotrávka zelená.