Živočíšstvo  Kojšovskej hole je zastúpené skoro výlučne lesnými druhmi. Veľké výškové rozdiely spôsobujú, že tu môžeme vidieť druhy žijúce tak v stredných, ako aj vyšších polohách. Celá oblasť je bohatá na všetky druhy poľovnej zveri, z ktorej je najviac zastúpená stále migrujúca srnčia a jelenia zver a ďalej diviak.

Z mäsožravcov sa tu vyskytuje líška, vzácne rys, v zime občas i vlk, sporadicky sa sem zatúla medveď. Vzácnejší je jazvec, veverička a plch. V súvislých lesoch sa môžeme stretnúť s kunou lesnou.

Poľovné revíry patria poľovníckym združeniam až na poľovný revír Záhon.

Čistota vôd v horných úsekoch horských bystrín je na vysokej úrovni, a preto sú dobre zarybnené. Žije v nich pstruh dúhový a potočný lipeň. Najzdravšou vodou pre chov pstruhov je Perlový potok.

Veľmi bohato je zastúpená avifauna. V jarných mesiacoch sú lesy plné melodického spevu drozda plavého a trskotavého. Najtypickejšími lesnými vtákmi sú však ďatle, kôrovníky i brhlíky, sýkorky, kolibiarky, mucháriky, oriešky, pinky a sojky. Telesne väčšie a plaché vtáky hniezdia len v odľahlejších kútoch. V ihličnatých lesoch môžeme stretnúť krivonosa, kuvičoka vrabčieho, pôtika kapcavého, sovu uralskú. Pozorovaný tu bol bocian čierny. Z drobnej pernatej fauny sa ďalej vyskytuje jarabica, z dravej avifauny jastrab veľký, krkavec, myšiak hôrny, orol krikľavý a sokol, z cicavcov nenápadný piskor.

V okolí prameňov a na vlhkých miestach žije ropucha a salamandra, kunka žltobruchá a skokan hnedý.

V ihličnatých porastoch a v zmiešaných bučinách nad 1000 metrov žijú pravé vysokohorské druhy vtákov ako drozd kolohrivý, sýkorka čiernohlavá, orešnica perlavá a hlucháň, ktorý je naším najväčším lesným vtákom. Po ňom bol pomenovaný záver doliny Perlového potoka s jeho pravostranným prítokom – Tokáreň.

V ihličnatých lesoch pod Kojšovskou hoľou žije sýkorka chochlatá, sýkorka uhliarka a náš najmenší vták – králik zlatohlavý. V smrekovej mladine najčastejšie hniezdia vrchárka modrá a červienka obyčajná.

Fauna trávnatých holí na hrebeňoch je už o niečo chudobnejšia. Medzi trsmi čučoriedok a brusníc sú hojne rozšírené jašterice živorodé, ktoré spolu s drobnými hlodavcami tvoria hlavnú potravu vreteniciam obyčajným. Tento náš jediný jedovatý had tu bol zistený vo vzácnej čiernej forme.

Ulitníky žijú v týchto polohách vo veľkom množstve. Môžeme tu vidieť najrozličnejšie druhy, od tých najmenších, ktorých ulita má veľkosť špendlíkovej hlavičky, až po slimáka obyčajného. Veľmi bohatá je aj fauna chrobákov. Z nich najnápadnejšia  je bystruška zlatá a fúzač alpský. Zaujímavosťou Kojšovskej hole je to, že tu žije až 31 vyslovene alpských druhov chrobákov.